matrix отличная альтернатива xmpp. Пока только с серверной частью synapse небольшие трудности, прожорливый он, а альтернативный вариант dendrite сырой пока еще. Эталонный клиент element по мне так норм.
Если цель - конфиденциальное общение небольшой командой, то смело поднимай свой сервак на synapse, отключи регу и федерацию, регистрируй юзеров в ручную через shared secret. В element ничего левого нету, а если совсем паранойя, собери сам свой element - сорцы на гитхабе. Твоя задача скорее обезопасить сервак от взлома чем сам matrix от взлома.
matrix - отличный вариант.
Можно поднять свою веб версию клиента Element, чтобы не устанавливать его на устройстве, что добавляет в какой то степени безопасности + удобство в виде возможности войти в свой аккаунт практически с любого устройства с доступом в интернет. Правда веб клиент тяжелый достаточно, но думаю это при нынешнем железе и интернете для большинства проблемой не будет.