1) Создайте .tsv файл со списком замен (если замен много разбейте файл на части). Замены в файле расположите по алфавиту.
2) Если замены нужны в определенном столбце предварительно также отсортируйте его по алфавиту.
3) Если замены нужны по всему файлу, используйте функцию поиск в файлах, предварительно положите файл в отдельную папку, откройте пустой emeditor, выберите папку с файлом и файл замен. Предварительно забекаптесь на всякий)
При ошибках также иногда помогает смена кодировки - файл >> сохранить всё в кодировке