Как хром определяет что уже запущен процесс с определенной папкой User Data?
Так и делаем, но хочется покрасивеенадо смотреть в сторону in-memory поиска cookies внутри основного браузера пользователя, и раз в 100мс сравнивать значения (или хук на запись в sqlite3 in-memory бд, так проще будет), те что изменились отправляются на твой процесс и сохраняются там в памяти, либо запуска скрытого окна из уже запущенного основного браузера